🟢 Аннотация типов клеток: библиотека помогает метить клетки по данным транскриптомики.
🟢 Выявление взаимодействий ниш: определение, какие типы клеток близко соседствуют и как они влияют друг на друга.
🟢 Ковариационный анализ: нахождение взаимозависимостей между наборами генов у взаимодействующих клеток.
🟢 Интеграция с популярными библиотеками: зависит от scanpy, pandas, numpy, pygraphviz и др.

pip install nico-sc-sp

🟢 Поддержка Python 3.6+; активно обновляется.
🟢 Настройки можно брать из разных источников: args, config-файла, env-переменных, при этом приоритет определяется удобно (args > env > config > дефолт).
🟢 Поддержка конфигов в форматах ini и yaml — не нужно вручную парсить файлы.
🟢 Полная совместимость с argparse, так что можно заменить import argparse на import ConfigArgParse без больших правок.

pip install ConfigArgParse